通过分析HACCP与ISO 9000质量管理体系两者的差异主要如下：
1、关注点不同
ISO9001:2008标准是一个管理体系标准，它通过建立方针和目标并实现这些目标来达到对质量的指挥和控制，他关注的是使 与质量目标有关的实现结果适当地满足相关方的需求、期望和要求。而HACCP所关注的不是总体方针目标的制定和实现，而是通过进行危害分析、确定关键控制点、制定纠偏措施，以防止食品安全危害。这是两个不同层次的系统，其建立的思路、使用范围和评价要求均不同。
2、对控制的范围要求不同
ISO9001:2008与HACCP都要求对过程进行分析和识别和控制，但ISO9001:2008是要求企业对全部的质量体系过程进行识别，它包括质量管理体系、管理职责、资源管理、产品实现及测量、分析和改进五个大的要素，其中既控制过程质量，又控制产品质量，最终达到顾客满意。而HACCP只要求企业对影响安全卫生的危害进行分析，对确定的关键控制点进行监控，通过７个方面的控制，达到预防、消除或降低危害。
3、对文件化的要求和证实程度不同
ISO 9000与HACCP都需要建立程序，ISO9000是要求企业建立文件化的质量管理体系，其中有6个要素要求企业建立并执行文件化的程序并对文件的控制有着严格的要求。而HACCP仅要求企业建立记录保存程序和验证程序。ISO9001:2008要求企业提供符合要求和质量管理体系有效运行的证据，而HACCP仅要求对分析、控制和验证过程加以证实。
4、对质量策划的文件化要求不同
ISO9001:2008强调企业进行质量策划，并要求制定为确保其有效策划所需的文件，为确保对过程的有效运行和控制，我们通常将质量策划的结果以适当形式形成文件，形成的文件可以是文件化的程序，也可以是质量计划，它强调的是质量策划的结果。而HACCP要求企业进行危害分析、确定关键控制点及关键限值、制定纠偏措施，要求对分析的过程形成文件，强调的是策划的过程。